La rendición de cuentas busca de garantizar la transparencia de la gestión y la administración pública de los recursos, en cumplimiento de los principios de Buen Gobierno. Compensar EPS, a través de audiencia pública, una vez al año realiza la rendición de cuentas en la que informa la gestión adelantada en la prestación del servicio, el manejo presupuestal y administrativo, así como avances y logros obtenidos como producto de las reuniones concertadas con las asociaciones respectivas.